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Calculs du docking
Molécule connue (par exemple Vemurafenib ou Ibuprofen)
Vous avez choisi une molécule connue: le processus consiste simplement à afficher en 3D, dans une nouvelle page, des résultats pré-calculés par le logiciel AutoDock Vina.Nouvelle molécule
Vous avez dessiné votre propre molécule: afin de prédire le mode de liaison de votre molécule, un calcul de docking est lancé sur un ordinateur distant grâce à l'Internet (plusieurs dizaines de milliers de géométries et de positions de la petite molécule dans la protéine sont évaluées par AutoDock Vina!). Si tous les processeurs sont utilisés par des dockings, le texte mentionne la longueur de la liste d'attente. Lorsqu'une place se libère, le calcul proprement dit démarre et une barre dynamique montre son avancement.
Le calcul se fait typiquement en quelques dizaines de secondes ou une minute (cela dépend principalement de la taille du ligand et du volume de la cavité de la protéine). Une invitation à se rendre à la page des résultats s'affiche "Docking fini! Le résultat est disponible ici". Il suffit de cliquer sur le lien pour faire apparaître les résultats.